주40시간제 도입은 단순 근로시간의 변화뿐만이 아니라 관련된 여러 제도들의 변화도 수반되어야 한다. 이는 크게 근로시간 제도의 변화, 휴가제도의 변화, 임금제도의 변화, 각종 제규정의 변화로 나누어 볼 수 있다.

근로시간 제도의 변화
주 40시간제의 가장 일반적인 근로형태는 1일 8시간씩 5일을 근무하고, 주2일을 휴무하는 형태이다. 휴일을 연속한 2일로 지정할 필요는 없지만 사실상 근로자들이 가장 선호하는 방식이기에 대부분의 사업장들이 이와 같은 형식을 취한다. 하지만 사업장의 성격에 따라 ‘주 5일 7시간, 주 1일 5시간’, ‘주 6일 6시간 40분’ 등 다양한 방식을 취할 수 있다.

그러나 일주일에 1일 이상의 유급휴일을 부여해야 하며, 1일 근로시간이 8시간을 초과하는 부분에 대해서는 선택적 보상휴가제를 도입하여 8시간 초과 근로시간만큼 다른 날 휴가를 부여하거나, 탄력적 근로시간제도를 도입하여야 한다. 만일 이러한 제도가 미리 정해지지 않고 실시된다면 8시간 초과분은 연장근로가 되어 그 수당을 지급하여야 한다.

휴가제도의 변화
주40시간제가 시행되면 월차휴가는 없어지고 연차휴가일수가 조정된다. 1년간 8할 이상 출근시 15일의 유급휴가를 부여하고, 최초 1년을 초과하는 계속 근로연수 매2년 마다 1일을 가산(최대 25일까지)하여 유급휴일을 부여하여야 한다. 1년 미만 근속자에 대해서는 1개월당 1일의 휴가를 부여하고 근속기간이 1년이 되었을 시 사용휴가 일수를 15일에서 제하고 연차휴가를 부여하면 된다.

그밖에 연차휴가 사용촉진제도가 신설되어 법에서 정해진 연차휴가 사용 촉진을 위한 적극적인 조치를 한 경우 미사용 연차휴가에 대하여 금전보상의무를 면제받는다. 또한 생리휴가의 경우 기존 유급에서 무급으로 전환되었다.

임금제도의 변화
개정 근로기준법에서는 “사용자는 이 법 시행으로 인하여 기존의 임금수준 및 시간당 통상임금이 저하되지 아니하도록 하여야 한다.”고 규정하여 주 40시간제 도입으로 근로시간이 단축된다 하여도 기존의 임금수준과 시간당 통상임금이 저하되어서는 안 된다. 따라서 일반 월급제 근로자의 경우, 시급통상임금을 인상하는 방식이나 별도의 수당을 만드는 방식 등을 통해 임금을 보존해야 한다.

각종 제규정의 변화
주 40시간제 시행으로 근로자의 각종 근로조건이 변경되면서 이와 관련된 제규정들의 변화가 불가피하다. 근로계약서의 경우 근로자와의 합의하에 변경을 할 수 있으며, 취업규칙의 경우 주40시간제 도입이 근로자에게 불이익한 변경이라 볼 수 없으므로 근로자 과반수로 조직된 노동조합 또는 근로자 과반수의 의견청취로 가능하다. 단체협약은 유효기간이 지나 새롭게 갱신하는 경우 주40시간제 방안을 포함하여 교섭을 진행하면 되지만, 유효기간이 남아있는 경우 단체협약 내 갱신 절차가 존재하는 경우 이에 따르고, 절차가 존재하지 않는 경우 특별단체교섭이나 보충교섭을 요구하여야 한다. 

이미 주 40시간제가 시행된 20인 이상 사업장의 경우, 근로기준법의 변화에 빠르게 대응하지 못해 분쟁이 일어나는 사례가 적지 않게 발생하고 있다. 가장 대표적인 사례는 근로자가 퇴직 시 연장∙휴일 근로수당을 청구하는 것으로 이 때 사업장의 규정이 정비되어있지 않다면 사업주는 근로자에게 3년간 주 40시간 이상 근로에 대하여 시간급 통상임금의 50%를 가산하여 지급하여야 한다. 이 밖에 휴가수당, 통상임금∙평균임금 산정 등의 문제까지 생긴다면 사업주는 사업의 계속이 심각하게 고려될 정도의 어려움을 겪게 될 수 있다. 주 40시간제 도입은 사업장에 단순 근로시간이 단축되는 것이 아닌 많은 부분의 변화를 요구한다. 사업장은 역량에 따라 전문가의 도움을 받는 것도 좋은 방법이 될 수 있다.